Archivio storico
Benché siano andate perdute la gran parte delle fonti dei primi decenni, l’archivio conserva documenti e registri legati alla gestione del convento e dei suoi beni. Difatti, la documentazione si fa più consistente a partire dal XVII secolo.
All’interno dell’archivio storico sono conservati anche documenti relativi agli Ordini e ai religiosi che si sono succeduti nel corso dei secoli.
Il 13 maggio 1793 ai padri di San Francesco fu affidata la cura della Prioria, qui trasferita dall’antica chiesa di San Donato su Piazza del Comune, da cui il titolo, tuttora in essere, di Parrocchia di San Donato in San Francesco. Da questo momento dunque tutta la documentazione della Parrocchia di San Donato confluì nell’archivio di San Francesco.
Archivio restauri
L’archivio raccoglie la documentazione relativa ai restauri effettuati a partire dal 1900, data intorno alla quale avviene il più importante degli interventi di ristrutturazione che il complesso abbia mai subito. Si tratta di documentazioni fotografiche di vario formato e di schede cartacee, di progetti e preventivi o anche solo di ipotesi di interventi.